Aus Erfahrung bin ich klug geworden: Wenn sich ein Leitungswechsel ankündigt, dann lasse ich mir sofort ein Zwischenzeugnis ausstellen - leider habe ich das so oft erlebt, dass es mit einer neuen Leitung dann bergab ging oder wirklich Stress gab :-/
Allerdings habe ich immer einfach gekündigt, auch ohne einen neuen Arbeitsvertrag.
Bei einer Kündigung immer natürlich den Eingang dokumentieren lassen. Begründen und Erklären musst du ja nichts. Hast du keinen Personaler, dem du vertraust und wo du wegen der Kündigungsfrist nachfragen kannst? Im Arbeitsvertrag, auch von der Kirche, muss was drin stehen. Ansonsten ist eine einvernehmliche Auflösung IMMER möglich und normalerweise haben AGs auch kein Interesse daran, Leute zu halten, die gehen wollen.